Hugmyndin að Fjöruverðlaununum kviknaði árið 2006 innan grasrótarhóps kvenna í Rithöfundasambandi Íslands og Hagþenki. Meðal ástæðna þess að hópurinn taldi sérstök kvennaverðlaun nauðsynleg var ójöfn kynjaskipting handhafa Íslensku bókmenntaverðlaunanna en á tímabilinu 1989–2011 fengu 36 karlar og 11 konur verðlaun. Einnig gætir ójafnvægis í úthlutunum úr Launasjóði rithöfunda en samkvæmt lauslegri könnun á úthlutunum árin 2000–2007 voru kynjahlutföllin 65% karlar, 35% konur.
Gildi sérstakra bókmenntaverðlauna fyrir konur hefur greinilega komið í ljós í Bretlandi þar sem Women’s Prize for Fiction (áður Orange-kvennabókmenntaverðlaunin og Bailey’s-kvennabókmenntaverðlaunin) hafa verið veitt í tæpa tvo áratugi. Stofnað var til þeirra vegna óánægju með hlut kvenna við úthlutun bókmenntaverðlauna og hefur starf þeirra verið farsælt og vakið athygli á fjölmörgum kvenrithöfundum sem skrifa á ensku.
Fjöruverðlaunin voru afhent í fyrsta sinn vorið 2007 og hafa verið veitt árlega síðan.
Árið 2011 voru í fyrsta sinn kynntar tilnefningar til Fjöruverðlaunanna áður en til sjálfrar verðlaunaafhendingarinnar kom og síðan þá hafa þrjár bækur verið tilnefndar í hverjum flokki í desember ár hvert. Þetta var gert til að enn fleiri góðar bækur eftir konur fengju verðskuldaða athygli og auka líkur á að fjölmiðlar fjölluðu um bækurnar og verðlaunin.
Árið 2014 var borgarstjóri Reykjavíkur – bókmenntarborgar UNESCO skipaður formlegur verndari verðlaunanna.
Fyrstu árin
Á fyrstu árum verðlaunanna stóð hópurinn á bak við verðlaunin fyrir ýmsum bókmenntaviðburðum. Verðlaunin voru afhent í febrúar eða mars á svokallaðri Góugleði við hátíðlega athöfn þar sem lögð var áhersla á dagskrá sem tengd er á einhvern hátt ritstörfum eða verkum kvenna.
Kate Mosse, einn af stofnendum og stjórnarkonum Baileys-kvennabókmenntaverðlaunanna, ávarpaði Góugleðina 2010; Sandi Toksvig, leikkona og þáttagerðarkona hjá BBC, sótti Ísland heim 2011, og frú Vigdísi Finnbogadóttur hélt heiðursræðu 2012.
Einnig hafa verið haldnar pallborðsumræður um bókmenntir eftir konur og kvenrithöfunda á Góugleðinni og árið 2014 var dagskráin helguð Jakobínu Sigurðardóttur (1918–1994) og verkum hennar.
Auk Fjöruverðlaunanna sjálfra stóð Góuhópurinn í nokkur ár fyrir kynningu á nýútkomnum bókum eftir konur undir titlinum „Kellingabækur“, og var sú hátíð haldin í samstarfi við menningarmiðstöðina Gerðuberg. Þessa uppskeruhátíð, sem haldin var í nóvembermánuði, sóttu mörg hundruð gestir þau ár sem hún var haldin.
Árið 2014 var í fyrsta skipti haldið upp á sérstaka lestrarhátíð í Hannesarholti, þar sem rithöfundar tilnefndir til verðlaunanna lásu upp úr verkefnum sínum. Er hátíðin haldin í upphafi desembermánaðar, til að styrkja enn betur við höfunda sem tilnefndir eru í jólabókaflóðinu. Hefur hátíðinni verið tekið fagnandi af borgarbúum og skapað sér sess í bókmenntalífi borgarinnar.
Félagasamtök stofnuð
Tímamót áttu sér stað árið 2014 í starfi Fjöruverðlaunanna þegar formlegt félag var stofnað um starfsemina, Fjöruverðlaunin – félag um bókmenntaverðlaun kvenna. Vel var mætt á stofnfundinn sem haldinn var á Hallveigarstöðum fimmtudaginn 23. október 2014, en upp að þeim tíma höfðu Fjöruverðlaunin verið starfrækt af óformlegum grasrótarhópi sem kallaði sig Góuhópinn.
Við stofnun félags um Fjöruverðlaunin – bókmenntaverðlaun kvenna voru tvær helstu upphafskonur og stofnendur verðlaunanna gerðar að heiðursfélögum, þær Ingibjörg Hjartardóttir rithöfundur og Jónína Leósdóttir rithöfundur.
Félagið hefur sömu markmið og hlutverk og fyrirrennarinn, að halda utan um skipulagningu Fjöruverðlaunanna og skipa dómnefndir sem tilnefna til verðlauna í jólabókaflóðinu bækur eftir konur í þremur flokkum, það er að segja fyrir barna- og unglingabókmenntir, fræðibækur og rit almenns eðlis, og fagurbókmenntir.
Árið 2019 gerðist félagið aðildarfélag í Kvenréttindafélagi Íslands.
Árið 2020 voru Fjöruverðlaunin útvíkkuð, svo að til verðlaunanna kæmu til greina bækur eftir konur (sís og trans), trans, kynsegin og intersex fólk. Skilningur samfélagsins á kyni heldur áfram að þróast og árið 2023 var Fjöruverðlaununum aftur breytt, að til verðlaunanna kæmu til greina bækur eftir konur og kvára.
Er þessi útvíkkun í anda grasrótarinnar sem upphaflega stofnaði til verðlaunanna, að vekja athygli á verkum rithöfunda sem verða útundan í karllægri uppbyggingu bókmenntaheimsins. Líkt og konur, hafa kvár þurft að finna á eigin skinni fordóma feðraveldisins og verið njörvað niður í fjötra kynjakerfisins.